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朱由校自回宫之后，整个京师就没有一天安稳过，锦衣卫、东厂、刑部这三个衙门机构，不是在抓人就是在抄家的路上。

京师的勋贵，除去英国公、武定侯、彰武伯、宣城伯、平江伯、惠安伯这几家之外。

尽皆被抄家灭族，这古往今来，就算是改朝换代时，都是未有之事。

更何况还是本朝的勋臣贵族，遭到皇帝的无情屠戮，可谓是旷古烁今。

朝堂上的官员以及北直隶的文官们，同样没有好日子过，也遭到了大范围的清算。

皇帝亲自拟旨道，凡是与叛逆贼子相交莫逆的，所谓师生之情的，不管是何人，也全部拿了下狱。

京畿地区一时间人心惶惶，官员见刑部的官员和衙役，以及东厂番子和锦衣卫，就像见到阎王爷一样。

所幸朱由校一回来就让羽林军全面接管了京师，虽然很血腥也很乱，可也没出什么大问题。

皇帝如此举动，自然是惹得满朝文武都极力反对，甚至于宋应星和程国祥这样的天子心腹近臣，都不顾一切的开始劝谏阻拦。

“谋逆弑君这叛贼，自然是各个该杀，臣也是支持于陛下的。”

“可那些未参与此事的无辜之人，陛下为何要对他们也赶尽杀绝？”

“纵使那些勋贵横行不法，侵占百姓田亩土地，肆意妄为，可他们的罪状，也不至于被灭九族，陛下惩治他们是没错。”

“可方式方法太过偏激，勋贵与官员都是国之根基柱石，陛下以谋逆的名义，一股脑的将他们全杀了，必会尽失天下人心。”

“再者说了，勋贵们都持有先帝的所赐之免死铁券，陛下如此行事，列祖列宗的颜面何在，朝廷的威望和信誉又何在？”

“翻阅史书，即使是乱成一锅粥的唐末，包括蒙元入主中原时，向来都是善待与士大夫与贵族豪绅。”

“陛下今日行此事，可能一时是痛快了，可会为我大明，埋下祸根，酿成大祸的啊。”

看着费劲苦心劝谏自己的两位尚书大臣，朱由校也是与他们好言沟通。

思想这玩意，不是一朝一夕就能改变的。

尤其是华夏的文人士大夫，他们是非常传统的，大多是认死理，自命不凡，能变通的实在是少数。