家中见到自己的父母最后一面，随后在得到自己父母的原谅和嘱咐后，亲手杀死了自己的父母。

并在同时身为弟弟的佐助‘恰巧’赶了过来，看到了父母倒在自己哥哥的刀上这一幕从而无法接受事实。

在被宇智波鼬用幻术折磨了一番后，宇智波佐助就怀着对宇智波鼬惊人的恨意陷入了昏迷。

之后的情况有所区别，那就是木叶暗部立即进场，毕竟这次事情已经暴露了，那么暗部只能提前进入宇智波的驻地内，而宇智波鼬也装作因为暗部的到来，所以逃离木叶，成为一名叛忍。

灭族之夜就以这样的结局落下了帷幕。

但之后，三代火影日斩才认识到虽然这次宇智波灭族行动已经结束了，但其后续的影响还远远没到结束的时候。