与京城京营对比，南方承平日久，金陵京营的腐化时间甚至要更早一些，京营内部混乱不已，军官私役卖放操军，窜乱军籍的情况屡见不鲜，导致操军严重缺额。

成化年间时，南京给事中王让曾经上疏表示，金陵京营守备卫卒大多都是一些老弱病残，且军中器械也都腐朽毁坏，像那些稍微身强体壮的兵丁，也都被那些军中都督们给弄去抬轿子当家丁，使得朝廷一时震动。

可震动也没有用，后来金陵河南道御史邹霶就反映过一件事，那就是金陵京营各卫明面上有十五万兵马，可实际上真正只有四万多人，而且这四万多人里面，还有两万人属于漕运体系的运军，其余的大部分也都是凑数而已，

这件事导致的最直接后果便是大明朝南直隶防线形同薄纸，被倭寇一捅就穿，甚至发生过几十个倭寇一路杀败无数官军，直接杀到了大明朝金陵城下的笑话。

至此，南京京营也就彻底无药可救，真正支撑大局的反而是募军。

根据嘉靖年间的记载，负责平定倭寇的主要兵力不是已经腐朽的京营，而是各地募集的军队，其中有以延绥、辽东兵为主的边兵，有河南来的毛葫芦兵，还有善使双头棍、标枪的山东兵、保定来的弓箭手，还有善于水战的福建漳州兵，以及善于防守的浙江处州兵，其中最为大名鼎鼎的便是广西的狼兵和湖广的土司兵。

等到倭寇平定后，大明诸公也没有忘记将这些兵丁全部解散回家，其次便针对南直隶的防区进行了一番改革，将之重新划分为京营防区、操江防区、江南防区和江北防区。

其中京营防区主要是负责金陵城的守卫，但是由于隆庆、万历年间不断裁撤兵力，使得金陵原本有十二万人的操军，变得只剩下了两万人。

当大明进入万历末年之际，国势已经进入了内外交困的局面，山东白莲教教首徐鸿儒在郛城公开造反，短短时间内就接连攻下了运河两岸的各个要地，再加上当时辽东正值巨变，大明朝也才开始重视起已经衰落至极的金陵兵防体系。

先是应天巡抚王象恒主张充实标营，抽卫军以充行伍，练乡兵以备调遣，核逋负以给粮饷，查虚冒以清隐占，通过扼守住各个关键要道来保卫直隶，而后便有直隶巡按王安舜奏请在江北淮安府、扬州府的沿江江防各营增兵增饷。

这些动作下来以后，金陵大小教场兵力加起来差不多有三万人，标营选锋有一万人，即金陵城内差不多是四万人，再加上新江口营、浦子口营以及池河新营，另外还有一万多人。